Фамилия Моргуновская — редкий случай, когда географический суффикс -ск- наложился на прозвище, а не на название места. Вопреки распространённому мнению, фамилии на -ский/-цкий не всегда указывают на дворянство или польское происхождение. В случае с Моргуновской основа — «моргун», то есть человек, который часто моргает, щурится или подмигивает. В русских говорах «моргуном» называли и того, кто делает глазки, и просто близорукого, и даже того, кто постоянно щурится от солнца или дыма. Прозвище было живым и образным, без отрицательного оттенка — скорее бытовая характеристика.

Модель образования здесь необычна. Если бы фамилия произошла от названия деревни Моргуново, мы бы получили Моргуновский — с суффиксом -ов- перед -ск-. Но в фамилии Моргуновская суффикс -ов- отсутствует: сразу корень «моргун» и -ск-. Это значит, что фамилию создавали не от топонима, а от прозвища Моргун, добавив к нему суффикс принадлежности -ск- по модели, типичной для юго-западных русских земель и Украины. В XVIII–XIX веках так оформляли фамилии крестьянам и мещанам, когда хотели придать им «благородное» звучание, но источник оставался простонародным.

Женская форма Моргуновская указывает, что носительница — женщина, а её отец или муж носил фамилию Моргуновский. В дореволюционной России такие фамилии часто получали дочери священников или учительниц, но по самой фамилии сословие определить нельзя: встречалась она и у крестьян, и у мещан. Встречаемость фамилии крайне низкая — она не входит в списки распространённых русских фамилий, и основная масса носителей сосредоточена на западе России, в Брянской и Смоленской областях, а также в Беларуси. Это подтверждает версию о западнорусском происхождении модели.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Моргунов (без -ск-) встречается гораздо чаще, а Моргуновский — его более редкий и книжный вариант. Есть ещё фамилия Моргун — прямая, без суффикса, её носили запорожские казаки. Моргуновская же — результат позднейшего «облагораживания» прозвища, когда крестьянин Моргун при переписи записывался как Моргуновский, чтобы звучало весомее. Никакой связи с польской шляхтой или литовскими боярами здесь нет: основа слишком прозрачна и бытовала в народе.