Фамилия Марчун выделяется суффиксом -ун, который в восточнославянской антропонимии встречается нечасто. Этот суффикс обычно придавал слову оттенок активного действия или характерного признака: «крикун» — тот, кто кричит, «говорун» — любитель поговорить. Следовательно, основу «Марч-» логично связать с глаголом «марчать» или существительным «марча», означавшим в некоторых русских говорах «брюзга», «ворчун» или «тот, кто издаёт невнятные звуки». Таким образом, Марчун — это человек с ворчливым, недовольным характером, или же тот, кто говорил неразборчиво, «марчал».

Вторая версия, менее вероятная, отводит фамилию к производным от имени Марк. В этом случае «Марч-» — усечённая форма (Марк → Марчо, Марча), а -ун — патронимический суффикс, указывающий на сына или потомка Марка. Однако для украинской и южнорусской традиции, где фамилии на -ун встречаются чаще, более типично образование от прозвища по действию, а не от крестильного имени. Если бы фамилия была от Марка, скорее появился бы вариант Марков или Марченко.

Географически фамилия Марчун тяготеет к западным и южным регионам: она фиксируется в Черниговской, Полтавской, Харьковской областях, а также в приграничных районах России (Белгородская, Курская области). В польском языке есть слово «marczeć» — «ворчать», что дополнительно подтверждает прозвищную версию: носитель фамилии мог быть потомком переселенца с запада, чьё прозвище закрепилось в документах.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» модель на -ун описывается как характерная для прозвищ, обозначающих привычку или манеру поведения. Марчун органично вписывается в этот ряд: аналогично образованы фамилии Болтун, Молчун, Свистун. Отличие Марчуна в том, что его основа «марч-» — диалектная, не столь распространённая в литературном языке, что делает фамилию ценной для историков говоров.