Фамилия Мамчун — редкий случай, когда прозвище сохранилось почти в исходном виде, без типичных фамильных суффиксов вроде -ов или -ин. Её основа — слово «мамка» или «мама», но не в прямом родственном значении, а в переносном, просторечном. На юге России и в Украине «мамкой» или «мамчиком» могли называть изнеженного, избалованного мужчину, маменькиного сынка. Человек, получивший такое прозвище, скорее всего, отличался мягким характером, зависимостью от матери или просто слишком часто упоминал её в разговоре. Суффикс -ун в украинской и южнорусской традиции характерен для прозвищ, образованных от глаголов и существительных: он придаёт слову оттенок деятеля или носителя признака (ср. «говорун», «бегун»). В фамилии Мамчун этот суффикс закрепил прозвище, а не имя.

Модель образования без патронимического суффикса (прямое закрепление прозвища как фамилии) — одна из древнейших в восточнославянской ономастике. Она типична для украинских и белорусских фамилий, а также для казачьих фамилий Дона и Кубани. Поэтому географически Мамчуны чаще встречаются на западе и юге России, в Черноземье, Ростовской области и, конечно, в Украине. В центральных и северных областях России фамилию могли бы переделать в Мамчиков или Мамкин, но южный вариант сохранил исходное прозвище.

Версия о связи с именем Мамант (разговорное Мамонт) маловероятна: от него пошли бы фамилии Мамонтов, Мамантов, Мамон, но не Мамчун. Слово «мамчун» встречается в украинских говорах как синоним «мазунчика» — избалованного ребёнка. Так что основная версия — прозвище по поведению, а не по имени. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это типичная крестьянская, казачья или мещанская фамилия, которая не попала в родословные книги, но сохранилась в быту и документах.