Фамилия Майгун — редкая и звучит не по-русски. Её происхождение почти наверняка связано с тюркскими языками, и корень здесь — «май» (по-тюркски «масло», «жир»). Вторая часть, «гун», может быть как суффиксом, так и частью сложного слова. Если разбирать её как «май» + «гун», то перед нами прозвище человека, связанного с маслом: либо скотовода, сбивавшего масло, либо торговца им, либо просто любителя жирной пищи. В тюркской среде такие прозвища по роду занятий или характерной черте были обычным делом.

Другая, менее вероятная версия отводит «гуну» роль суффикса, образующего прилагательное со значением «обладающий чем-то». Тогда «Майгун» — «тот, у кого есть масло», то есть зажиточный хозяин, владелец скота. Эта гипотеза слабее, потому что в русской ономастике модель «основа + -гун» нехарактерна, а в тюркской — встречается, но редко.

Фамилия Майгун не попала в массовые списки крестьянских фамилий центральной России, её нет в словаре Б. Унбегауна. Она бытует локально, чаще всего на Северном Кавказе, в Поволжье и у татар — в регионах, где тюркские языки веками соседствовали с русским. Встречаются варианты написания «Майгунов» — с русским суффиксом -ов, который «обрусел» исходную основу. Носители фамилии Майгун, как правило, потомки тех, кто в XIX веке получил фамилию от прозвища предка, и это прозвище не утратило связи с бытовым миром кочевников и земледельцев: масло было мерой достатка.