Фамилия Магдун — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её звучание не вписывается в типичные славянские модели, а суффикс -ун на конце сразу привлекает внимание. В русских фамилиях этот суффикс встречается, но чаще в прозвищах, перешедших в фамилии без дополнительного оформления (Крикун, Говорун, Магун). Однако основа «Магд» — не славянская.

Правдоподобнее всего версия, что фамилия Магдун восходит к арабскому имени Магдун или Магдунша, которое в свою очередь связано с корнем, означающим «славный», «прославленный» (ср. арабское «маджд» — слава). Такие имена были распространены в среде народов, исповедующих ислам: у татар, башкир, народов Кавказа и Средней Азии. В русской среде фамилия могла появиться через татарское или башкирское посредничество, особенно в Поволжье и Приуралье, где смешение культур дало много подобных фамилий.

Вторая, менее вероятная версия — связь с тюркским словом «магды» или «магдын», что могло означать «рождённый» или «дитя». Но здесь больше домыслов, чем твёрдых данных. Спорным выглядит и предположение о происхождении от греческого «магдос» (пекарь) — слишком далеко от русской ономастической традиции.

Суффикс -ун в данном случае не обязательно указывает на действие (как в русских прозвищах). В тюркских и арабских именах он может быть частью корня или аффиксом, образующим имя. Если же фамилия всё-таки осмыслялась по-русски, то «Магдун» могло быть прозвищем человека, которого называли «маг» (волшебник) с оттенком иронии, но такая версия слабая: слово «маг» в народной среде до XIX века почти не употреблялось.

Географически носители фамилии Магдун встречаются в Татарстане, Башкортостане, а также среди татарской диаспоры в других регионах России. Встречаемость крайне низкая, что делает фамилию почти уникальной. Сословной привязки нет: могли быть и крестьяне, и служилые люди, но точных данных по истории рода не сохранилось.