Фамилия Малунеева — женская форма, мужской вариант — Малунеев. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Малун, а само словообразовательное гнездо отсылает к древнерусскому прилагательному «малый». Фамилия образована по продуктивной модели с суффиксом -еев, который характерен для прозвищ на мягкий согласный или на -ун: Малун → Малунеев. Встречаются и параллельные формы — Малунов, Малунин.

Корень «мал-» в русских фамилиях один из самых частых: Малов, Малютин, Малыхин. Но Малунеев стоит особняком из-за редкого суффикса -ун. В старину так образовывали прозвища, выражавшие характерный признак: Малун — не просто маленький, а постоянно малый, недорослый или младший в семье. В ономастике это прозвище могло закрепиться за младшим сыном, которого в крестьянской среде нередко звали Малым или Малуней.

Географически фамилия редкая, её следы ведут в центральные и южнорусские губернии. По данным ревизских сказок XIX века, крестьяне с фамилией Малунеев встречались в Тамбовской и Рязанской губерниях, где прозвища на -ун были особенно распространены. Сословно — почти исключительно крестьянская среда, без дворянских ветвей.

Спорных версий тут немного. Иногда пытаются возвести корень к тюркскому «малун» (скот, имущество), но это натяжка: в русских говорах такого значения нет, а прозвищная модель «малый + уменьшительный суффикс» объясняет всё без лишних допущений. Так что предок носительницы фамилии, скорее всего, был младшим в роду или получил прозвище за невысокий рост — и это прозвище закрепилось за его потомками.