Фамилия Малуев отталкивается от прозвища или имени Малуй. Это слово стоит разобрать на две части: корень «мал» и суффикс или окончание «-уй». Первое, что приходит на ум, — связь с прилагательным «малый», то есть невысокий ростом, младший по возрасту или незначительный по положению. Форма на «-уй» типична для древнерусских некалендарных имён и прозвищ: Толстуй, Худой, Косой, Милуй. Так называли человека по яркой внешней или поведенческой черте. Малуй — это «маленький», «малыш», но не обязательно ребёнок: прозвище могло закрепиться за взрослым невысокого роста или за младшим сыном в семье.

Фамилия образована по стандартной восточнославянской модели с патронимическим суффиксом «-ев». Малуев буквально означает «сын Малуя». Суффикс «-ев» (а не «-ов») стоит после мягкого согласного «й», что соответствует правилам русской морфонологии. Интересно, что в говорах встречается вариант Малуев с ударением на первый слог, но чаще фамилию произносят с ударением на второй слог — Малу́ев.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России. Встречается в старых писцовых книгах и переписях Вологодчины и Архангельской губернии, где прозвища с суффиксом «-уй» были особенно распространены. Например, в документах XVII века упоминаются крестьяне с прозвищем Малуй, а в XIX веке фамилия Малуев фиксируется среди государственных крестьян и мещан.

Есть и другая, менее вероятная версия: от тюркского имени Малуй, которое могло попасть в русскую среду через татарские или башкирские контакты. Однако для этого нет надёжных лингвистических оснований — корень «мал» в русском языке даёт прямую и понятную мотивировку, а тюркская гипотеза остаётся умозрительной. Так что предки современных Малуевых, скорее всего, получили фамилию от прозвища, данного невысокому или младшему члену рода.