Фамилия Маглуев — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В отличие от большинства русских фамилий на -ов, образованных от крестильных имён или названий профессий, здесь основа неясна даже на первый взгляд. Чтобы разобраться, стоит посмотреть на суффикс и корень.

Модель образования — стандартная: суффикс -ев указывает на притяжательное значение «чей?» — то есть сын или потомок человека по прозвищу Маглуй. Само прозвище Маглуй, скорее всего, имеет тюркские корни. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) слово «маглу» или близкие к нему формы могут означать «печальный», «грустный», «угрюмый». Человек с таким прозвищем мог получить его из-за характера или внешности. Возможна и другая версия: основа могла быть связана с тюркским «маглум» («известный», «знаменитый»), но в русской передаче конечный «м» отпал, и получилось «Маглуй».

География фамилии подтверждает тюркскую версию. Маглуевы встречаются преимущественно в Поволжье и на Урале — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области. Это регионы, где веками жили татары и башкиры, а русское население активно контактировало с ними. Фамилия могла возникнуть и в среде крещёных татар, и у русских, взявших прозвище у соседей.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Маглунов, Маглуевский — показывает, что в основе везде один и тот же корень, но суффиксы различают, от какого именно прозвища пошла фамилия. Маглуев — самая распространённая форма, что типично для прозвищ на -уй (ср. Калабуй, Корягуй).

Сословная принадлежность предков Маглуевых неясна. Фамилия не встречается в дворянских родословных книгах, что говорит о крестьянском или мещанском происхождении. Никаких известных исторических деятелей с этой фамилией не зафиксировано — это фамилия простых людей, живших в основном в сельской местности.