Фамилия Малунин — одна из тех, где внешняя простота обманчива. На первый взгляд в ней угадывается корень «мал», и это верное направление, но не единственное. В русских фамилиях суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Малунин, то есть сын или потомок Малуни. А вот что такое «Малуня» — тут и начинается самое интересное.

Скорее всего, основа — разговорная форма крестильного имени. В старину имя Малахия (от древнееврейского «посланник Бога») в быту сокращали до Мал, Малуша, Малуня. Та же модель дала фамилии Малушев, Малахов, Малухин. Малуня — это ласковое, домашнее прозвище для Малахии. Второй, не менее вероятный вариант — от имени Мамант (греческое «сосущий грудь»), которое в народе переделывали в Мамон, Малуня. Оба имени были распространены среди крестьян и купечества, особенно в северных и центральных губерниях.

Есть и бытовая версия, без церковного имени. «Малуня» могло быть прозвищем невысокого, щуплого человека. В русских говорах «малый» — не только «маленький», но и «младший», «парень», «подросток». Если в семье было два Ивана — старшего звали Большой, младшего — Малой. От такого «Малого» и пошло ласкательное Малуня. В этом случае фамилия Малунин — прямая родственница фамилиям Малышев, Мальцев, Малютин, но с более интимным, домашним суффиксом.

География фамилии подсказывает, что её корни — в Вятской, Пермской и Костромской губерниях. В этих краях любили уменьшительные формы на -уня: Ванюня, Петруня, Малуня. Такая модель редка для юга России, но типична для северного наречия. Поэтому по фамилии Малунин можно с большой вероятностью предположить, что предки были выходцами с Русского Севера или из Приуралья.

Спорный момент: некоторые любители народной этимологии связывают фамилию со словом «малун» — так в некоторых диалектах называли мелкую рыбу (ерша или пескаря). Версия правдоподобна только в том случае, если предок был рыбаком и получил прозвище за малый рост или за улов. Но она слабее, чем имя-основа: прозвище «Малун» почти не встречается в документах, а «Малуня» — фиксируется в переписных книгах XVII века.