Фамилия Манунов образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей — от имени или прозвища при помощи суффикса -ов. Основа здесь — Манун. Это имя могло быть как полным, так и уменьшительным, но в любом случае его происхождение неочевидно и требует разбора.

Наиболее вероятная версия связывает Манун с каноническим именем Мануил (церковная форма Эммануил). В народной речи имя нередко упрощалось: Эммануил звучало как Манойло, Мануйла, а от них могли образоваться и более короткие формы вроде Манун. Усечение имени до основы с добавлением суффикса -ун (Ман + ун) — типичный приём для русских прозвищ и неканонических имён, ср. Глазун, Хвастун. Таким образом, Манунов — это потомок человека по имени Манун, которое, скорее всего, было разговорным вариантом крестильного Мануил.

Менее распространённая, но не исключённая гипотеза — происхождение от прозвища, связанного с глаголом «манить» или «мануть» (в диалектах — звать, привлекать). Мануном могли прозвать человека, который часто звал к себе, зазывал, или же того, кто легко поддавался на уговоры. Однако эта версия уступает первой, так как суффикс -ун в прозвищах обычно указывает на деятеля (Хвастун, Болтун), а глагол «манить» даёт скорее форму Манун, но без очевидной семантики постоянного действия.

Фамилия Манунов — редкая. Её география невелика: встречается в основном в центральных и южных регионах России, особенно в Ростовской области и на Кубани. Это косвенно подтверждает связь с именем Мануил, которое было популярно в казачьей среде. В отличие от массовых фамилий вроде Иванов или Петров, Манунов сохранил более архаичную, усечённую форму имени-основы.

Словообразовательно фамилия ничем не примечательна: типичный русский патроним на -ов, указывающий на принадлежность к роду. Её ценность именно в редкой основе, которая даёт ключ к пониманию того, как в народе адаптировали церковные имена, превращая их в короткие и звучные прозвища.