Фамилия Манунова образована от мужского имени Манун, которое в русском языке встречается крайне редко. Это имя, скорее всего, является народной, просторечной формой канонического церковного имени Мануил (от древнееврейского Иммануил — «с нами Бог»). В русской традиции такие усечения были обычны: Иван из Иоанн, Степан из Стефан, а Манун — из Мануил. Соответственно, основа фамилии — прозвище или нецерковное имя Манун, а суффикс -ов указывает на принадлежность: «чей?» — Манунов, то есть сын или потомок Мануна. Женская форма Манунова — это вариант, который закрепился за носительницей по отцу или мужу.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским областям, где форма Мануил в народном произношении чаще давала варианты вроде Мануйло или Манун. Встречается она и у старообрядцев, которые сохраняли архаичные варианты имён. В официальных документах XIX века фамилия могла записываться по-разному: через «а» или «о» в окончании, с одним или двумя «н» (Манунов, Мануннов), но современная норма — с одной «н» в корне.

Есть и вторая, менее вероятная версия: происхождение от тюркского слова «манун» (смиренный, послушный). Однако она не подтверждается ни ареалом фамилии, ни типичной для таких заимствований суффиксацией. В ономастике принято считать, что если существует славянское имя-основа, то именно его и следует брать за главную гипотезу.

Носительницы фамилии Манунова, как правило, имеют предков из крестьянской или мещанской среды центральных и южных губерний России. Фамилия не относится к дворянским и не встречается в родословных книгах, что типично для поздних фамилий, образованных от уменьшительных форм крестильных имён.