Фамилия Марфунин — яркий пример «материнской» фамилии, образованной от женского имени. В её основе лежит каноническое имя Марфа (от арамейского «марта» — госпожа, хозяйка). Но ключевая особенность здесь — не основа, а суффикс. В русских фамилиях суффикс -ин обычно указывает на принадлежность: «чей?» — Марфунин, то есть «сын Марфуни». А вот Марфуня — это уменьшительно-ласкательная форма имени Марфа, бытовавшая в северных и центральных говорах. Именно такие «домашние» прозвания, а не полные имена, чаще всего ложились в основу фамилий у крестьян.

Эта модель образования — от имени матери, а не отца — встречается реже, чем отчества на -ов/-ев. Она характерна для ситуаций, когда женщина играла ключевую роль в семье: либо рано овдовев, либо будучи главой дома. В русской деревне такие случаи не были редкостью, и фамилии на -ин от женских имён (Марфунин, Акулинин, Дарьин) — живое свидетельство этого социального уклада. По сути, предок носителя фамилии Марфунин был сыном или потомком женщины по имени Марфа, которую в быту звали Марфуней.

Географически фамилия тяготеет к старообрядческим регионам и Русскому Северу. Имя Марфа было особенно популярно именно в староверческой среде, где его носили многие известные деятельницы (вспомним боярыню Морозову). Поэтому корни Марфуниных стоит искать в Архангельской, Вологодской губерниях или в Поморье. С течением времени фамилия могла «застыть» в написании, не изменившись, даже если в быту уменьшительная форма Марфуня вышла из употребления.

С точки зрения ономастики, это «полуотчество»: оно не даёт информации о роде занятий или прозвище предка, зато чётко фиксирует матрилинейную связь. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные образования описаны как характерные для севернорусского ареала, где доля фамилий на -ин от женских имён заметно выше, чем в южных областях.