Фамилия Марфуненков — редкий случай, когда на слух легко угадать основу, но трудно определить, как именно её толковать. В основе лежит имя Марфа (греч. «госпожа», «хозяйка»), но суффиксальная цепочка заставляет задуматься: это не типичное «Марфин» или «Марфунин», а более сложное образование.

Ключ к разгадке — в суффиксе -енк-. В русских фамилиях он чаще всего указывает на украинское или белорусское происхождение и имеет уменьшительное значение. Марфуненко — это, по сути, «маленькая Марфа» или, что вероятнее, «сын (или потомок) Марфуни». Марфуня — ласкательная форма имени Марфа. Так могли называть не только женщину, но и мужчину, если в семье его звали по матери (вдове или властной хозяйке) — в крестьянском быту такие прозвища встречались.

Дальше в фамилию вмешался севернорусский или центральнорусский суффикс -ов. Соединение украинского -енк- и русского -ов- дало Марфуненков. Это типично для фамилий, которые «переезжали»: предок мог быть выходцем с Украины или юга России, а его потомки обосновались в районах, где фамилии оформляли по великорусскому образцу — на -ов. Либо, наоборот, русский человек, носивший прозвище Марфуня, получил фамилию через суффикс -енк- (как это делали в некоторых южнорусских говорах), а затем её русифицировали.

Есть и более прозаичная версия: фамилия могла образоваться напрямую от имени Марфа через суффикс -ун- (как говорун, плясун) — то есть Марфун — «тот, кто связан с Марфой» (сын, муж, работник). Тогда Марфуненков — это «внук Марфуна». Но такая модель встречается реже.

Географически фамилия тяготеет к Смоленской, Брянской, Калужской областям — к зоне, где смешивались русские и белорусские говоры. В дореволюционных переписях носители Марфуненковых чаще всего числились крестьянами или мещанами, без ярко выраженного дворянского следа. Фамилия не знатная, но крепкая, бытовая — её носили люди, для которых имя Марфа было не абстракцией, а именем матери, бабки или соседки.

В итоге: скорее всего, ваш предок — не «Марфа», а «Марфуня» (человек, которого так прозвали по женской линии), а фамилия прошла двойную обработку — сначала уменьшительную, потом «оковывающую».