Фамилия Марфунина — женская форма фамилии Марфунин. В русской традиции такие фамилии образовывались от мужской основы с помощью суффикса -ин, который указывал на принадлежность: «чей сын?» — Марфунин, то есть сын Марфуни. В основе лежит просторечная форма женского имени Марфа — Марфуня. Имя Марфа (древнееврейское Марта — «госпожа», «хозяйка») было распространено в крестьянской и мещанской среде, поэтому и фамилия Марфунин — не дворянская, а скорее крестьянская или купеческая, возникшая в XVI–XVII веках, когда фамилии на -ин активно закреплялись в северных и центральных губерниях России.

Интересная деталь: суффикс -ун- в основе Марфуня — уменьшительно-ласкательный, характерный для севернорусских говоров (ср. Иванун, Петруня). В южных и западных регионах чаще использовали формы Марфутка, Марфуша. Таким образом, фамилия Марфунина может указывать на конкретный диалектный ареал — вероятно, предки жили в Архангельской, Вологодской или Вятской губернии, где такие формы имени были в ходу.

Словообразовательная модель проста: имя Марфа → разговорное Марфуня → отчество Марфунин (сын Марфуни) → фамилия Марфунин. Женская форма Марфунина — это не самостоятельная фамилия, а грамматическое изменение по родам: в метрических книгах и ревизских сказках женщину записывали как «вдова Марфунина» или «девица Марфунина».

Однокоренные фамилии — Марфин, Марфутин, Марфуткин — встречаются реже. Сравнение показывает, что Марфунин стоит в ряду «домашних», обиходных фамилий, образованных не от полного имени, а от его повседневной формы. В этом смысле фамилия не несёт ни героического, ни ремесленного подтекста — она просто говорит: предка звали Марфуня, и это было настолько привычно, что закрепилось в родовом прозвании.