Фамилия Мальшунин — редкая и неочевидная с первого взгляда. Её основа, суффикс и происхождение заставляют задуматься, но при ближайшем рассмотрении всё встаёт на свои места.

Скорее всего, в основе фамилии лежит неканоническое имя или прозвище Мальшуня. Это уменьшительно-ласкательная форма от имени Мал или Маль, которое в старину давали младшему ребёнку в семье или человеку невысокого роста. Суффикс -ун(я) характерен для русских народных прозвищ: говорун, ворчун, мальшуня — «маленький, младшенький». Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Мальшунин, то есть сын или потомок Мальшуни.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «мальшук» или «мальшун» в значении «мальчуган, паренёк». В некоторых говорах так называли подростка или подпаска. Тогда фамилия могла возникнуть как прозвище по возрасту или роду занятий.

Географически фамилия Мальшунин встречается крайне редко, в основном на севере европейской части России — в Архангельской и Вологодской областях. Это косвенно подтверждает версию о севернорусском происхождении, где были распространены фамилии на -ин от прозвищ на -уня, -юня.

В отличие от распространённых фамилий на -ов, модель Мальшунин более архаична и указывает на прямое родство с конкретным человеком, а не на принадлежность к роду. Предок носителя такой фамилии, скорее всего, был крестьянином или посадским человеком, и прозвище Мальшуня закрепилось за ним в документах XVI–XVII веков. Сведений о дворянском происхождении или известных исторических деятелях с этой фамилией нет — это чисто народная, бытовая фамилия.