Фамилия Мальшины образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии послужило мирское имя Мальша, которое, по словарю В. И. Даля, означало «меньшой в семье, последний в роде». Так называли младшего ребенка, чтобы выделить его среди старших братьев и сестер. Вторая версия связывает имя Мальша с прозвищем от прилагательного «маленький» — в этом случае Мальшей могли прозвать невысокого, миниатюрного человека. Потомок человека с таким именем или прозвищем со временем получил фамилию Мальшин.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Мальшин, то есть сын или потомок Мальши. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от основ на -а или -я. Сама основа Мальш- — вариант корня мал- (маленький) с суффиксом -ш-, который в древнерусских именах часто придавал ласкательный или уменьшительный оттенок. Встречаются однокоренные фамилии: Мальшаков, Мальшов, Мальшагин.

Известный представитель фамилии — Пётр Алексеевич Мальшин (1752–1821), предприниматель, меценат, купец первой гильдии. Он вошёл в историю как основатель Нижегородской ярмарки и строитель знаменитого ярмарочного собора Александра Невского. Благодаря его деятельности фамилия получила широкую известность в купеческой среде.

Фамилия Мальшин не имеет чёткой географической привязки, но по косвенным данным чаще встречалась в центральных и северных губерниях России, где была распространена традиция мирских имён. О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно — процесс формирования фамилий был длительным и шёл в разных регионах независимо.