Фамилия Малашины, как и многие русские фамилии на -ин, восходит к личному имени или прозвищу родоначальника. В основе её лежит имя Малаша — это, скорее всего, не самостоятельное имя, а обиходная, уменьшительная форма от церковного имени Малахий. Имя Малахий пришло на Русь вместе с христианством, а его древнееврейское значение — «посланник Божий» — связано с библейским пророком.

Форма Малаша возникла в народной речи: окончание -а характерно для разговорных вариантов многих мужских имён (ср. Миша, Саша, Гриша). Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Малашин, то есть сын, потомок Малаши. Такая модель образования — одна из самых распространённых в русской ономастике, особенно на севере и в центральных областях России.

Встречается и другая, менее вероятная версия: Малаша могло быть не производным от Малахия, а самостоятельным прозвищем, образованным от прилагательного «малый» (через форму Мала, Маля, Малаша). В говорах так могли называть невысокого человека или младшего в семье. Однако в случае с фамилией Малашины первая версия выглядит убедительнее — связь с каноническим именем прослеживается чётко, и фамилия вписывается в ряд однокоренных: Малахов, Малашкин, Малашков.

О точном месте возникновения фамилии говорить сложно: она фиксируется в разных регионах, от южнорусских областей до Поволжья. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с этой фамилией, что говорит о её давнем бытовании не только в дворянской, но и в простонародной среде.