Фамилия Мальчин (и её вариант Мальчины) образована по обычной для русских фамилий модели: к основе — имени или прозвищу — добавили суффикс -ин, который указывает на принадлежность («чей сын?»). В данном случае основа — старинное русское мирское имя Мальча.

Скорее всего, Мальча — это не крестильное, а внутрисемейное прозвище, однокоренное со словом «малый». В русских деревнях младшего ребёнка, особенно мальчика, запросто могли называть Малой, Малец, Малютка или Мальча. Фамилии от таких «домашних» имён — одни из самых древних: они возникли ещё в те времена, когда церковное имя было необязательным в быту, а человека знали по прозвищу. Потомок Мальчи, скорее всего, и стал первым Мальчиным.

Менее вероятная версия связывает имя Мальча с редкими крестильными именами — мужским Малахий или женским Меланья. От них тоже могли образовать уменьшительную форму Мальча, но в русской традиции такие сокращения (как Саша от Александра) обычно закреплялись за людьми, а не за святыми в святцах, поэтому мирское происхождение фамилии выглядит убедительнее.

Особенность фамилии — её суффикс. В отличие от повсеместных -ов/-ев, суффикс -ин характерен для фамилий, образованных от основ на -а/-я. Такие фамилии чаще встречаются в северных и центральных регионах России, где было принято говорить «чей?» — «Мальчин сын», а не «Мальчов». Это даёт косвенную подсказку о возможной географии предков.

Точное время возникновения фамилии Мальчин установить сложно: массово фамилии у крестьян закрепились только в XIX веке, но отдельные прозвища вроде Мальча могли существовать на несколько столетий раньше.