Основой фамилии Мальчихин послужило мирское имя Мальчиха. Мальчиха — старинное редкое имя того же корня, что прилагательное «малый». В прошлом в семьях ребенка (как правило, мальчика) часто называли просто Малой, Малец, Малей, Мальчиха. Менее вероятно, что основой фамилии послужило имя Мал, которое может являться как самостоятельным крестильным именем, так и производной формой от имен Малахий, Меланья. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Мальчиха, со временем получил фамилию Мальчихин.