Фамилия Мальчинский — типичный пример фамилии, образованной по географическому принципу с помощью суффикса -ский. Такая модель в XVII–XIX веках была особенно распространена в западнорусских землях (территории современных Беларуси, Украины, Польши) и в среде польской шляхты. Основа фамилии — топоним Мальчин или Мальчино. На карте можно найти несколько таких названий: село Мальчин в Черниговской области, деревня Мальчино в Смоленской, а также хутора с похожими названиями в бывшей Речи Посполитой. Владелец такого поселения или выходец из него получал прозвание «Мальчинский» — то есть «тот, кто из Мальчина».

Корень «мальч-» восходит к слову «малый» (в значении «маленький, младший») или к личному имени Мал (Малко, Малец). В древнерусской традиции прозвище Мал давали младшему сыну или человеку невысокого роста. Отсюда же пошли фамилии Мальцев, Мальцов, Мальчук. Но в случае с Мальчинским связь не прямая: суффикс -ин- указывает на принадлежность (например, «Мальчин» — сын Мала или житель урочища Мальчино), а уже от этого притяжательного прилагательного образовалась фамилия на -ский.

Сословно Мальчинские могли быть как мещанами или крестьянами, взявшими фамилию по месту жительства, так и представителями мелкой шляхты, если речь о польско-литовских землях. В документах XIX века фамилия встречается в Волынской, Минской и Подольской губерниях, что подтверждает её западное происхождение. Ударение, скорее всего, падает на второй слог — Мальчи́нский, хотя в русской среде возможен вариант с ударением на первый слог.

Есть и более редкая версия: основа могла быть связана с ремеслом — «мальчик» в значении «подмастерье, ученик». Но это менее вероятно, так как суффикс -ин- в таком случае образовывал бы фамилию Мальчиков, а не Мальчинский. Географическая модель остаётся основной.