Основой фамилии Мальчин послужило мирское имя Мальча. Мальча — старинное редкое имя того же корня, что прилагательное «малый». В прошлом в семьях ребенка (как правило, мальчика) часто называли просто Малой, Малец, Малей, Мальча. Менее вероятно, что основой фамилии послужило имя Мальча, которое может являться как самостоятельным крестильным именем, так и производной формой от имен Малахий, Меланья. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Мальча, со временем получил фамилию Мальчин.