Фамилия Мальчихины — редкий случай, когда в основе лежит не просто прозвище, а старинное мирское имя Мальчиха. В отличие от привычных фамилий на -ов/-ев, здесь работает суффикс -ин, который в русской традиции закреплялся за основами на -а/-я. Так что Мальчихины — буквально «чьи?» — «дети Мальчихи».

Имя Мальчиха того же корня, что и прилагательное «малый». В прошлом в семьях ребенка (чаще всего мальчика) запросто могли назвать Малой, Малец, Малей или Мальчиха — не в шутку, а как полноценное личное имя. Такие имена давали до крещения или использовали в быту параллельно с церковными, и они благополучно переходили в фамилии.

Менее вероятная версия выводит фамилию от имени Мал. Оно могло быть как самостоятельным крестильным именем, так и сокращением от Малахий или Меланья. Но в случае с Мальчихиными форма на -их- указывает скорее на разговорный вариант, а не на церковный канон.

Фамилия встречается в центральных и северных регионах России, где была сильна традиция «уличных» фамилий на -их/-ых. Впрочем, точное место и время её возникновения сейчас установить трудно — процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, и многие местные варианты так и не попали в официальные переписи.