Фамилия Мальшина образована от личного имени или прозвища Мальша. В основе лежит нарицательное «мальша» — так, по словарю Владимира Даля, называли «меньшого в семье, последнего в роде». Скорее всего, Мальшей в крестьянской среде называли младшего ребенка, самого младшего сына. Со временем именование перешло к его детям и закрепилось как фамилия.

Есть и вторая версия: Мальша — прозвище от прилагательного «маленький». Тогда его давали человеку невысокого роста, миниатюрного сложения. Оба объяснения сводятся к одному корню — «мал-», и оба правдоподобны, но первое (по положению в семье) встречается в русской антропонимии чаще.

Сама фамилия стоит в женской форме, но ее носительницами могут быть как женщины, так и мужчины (в русской традиции женская форма фамилии на -ина дается по отцу или мужу). Мужской вариант — Мальшин. Модель образования проста: суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Мальшин, то есть сын или дочь Мальши.

Известный носитель фамилии — Петр Алексеевич Мальшин (1752–1821), купец первой гильдии и меценат. Его биография показывает, что фамилия бытовала не только в крестьянской, но и в купеческой среде, а сам Петр Алексеевич, вероятно, происходил из семьи, где имя Мальша когда-то было мирским, нецерковным.

Таким образом, фамилия Мальшина — типичный пример русского отчества от прозвища, описывающего либо младшего ребенка, либо невысокого человека. Она не редкая, но и не массовая, встречается в центральных и северных регионах России.