Основой фамилии Мальшин послужило мирское имя Мальша. Мирское имя Мальша образовано от аналогичного нарицательного, значение которого В.И. Даль в «Толковом словаре живого великорусского языка» определяет следующим образом: «меньшой в семье, последний в роде». Вероятно, Мальшей нарекли младшего ребенка в семье. Согласно другой гипотезе, в основе фамилии Мальшин лежит не мирское имя, а прозвище Мальша, восходящее к прилагательному «маленький». В таком случае Мальшей могли прозвать невысокого, миниатюрного человека. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Мальша, со временем получил фамилию Мальшин. Известным представителем фамилии является Петр Алексеевич Мальшин (1752-1821) – предприниматель, меценат, купец первой гильдии.