Фамилия Мальшин образована от мирского имени или прозвища Мальша. В «Толковом словаре живого великорусского языка» Владимира Даля слово «мальша» означает «меньшой в семье, последний в роде». Скорее всего, так называли младшего ребенка. Есть и другая версия: прозвище Мальша могли дать невысокому, миниатюрному человеку от прилагательного «маленький».

Модель образования фамилии простая: к основе Мальш- прибавился русский патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Мальшин, то есть сын Мальши). По такой же схеме возникли фамилии Мальшов, Мальшев, Мальшаков — все они держатся на одном корне, но различаются суффиксами и, возможно, региональными традициями.

Фамилия редкая и нечастотная. Среди известных носителей — купец первой гильдии, предприниматель и меценат Петр Алексеевич Мальшин (1752–1821). Его биография подтверждает, что фамилия бытовала в купеческой среде, хотя по происхождению она не сословная, а народная — от прозвища, данного по возрасту или росту.