Фамилия Мшунина — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Первое, что бросается в глаза, — суффикс -ин-, который в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — «Мшунин», то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Мшуня. Основа здесь — Мшун-, и именно она вызывает споры.

Самый прямой путь к объяснению — через слово «мшун» или «мшуна». В северных и среднерусских говорах так могли называть человека, связанного со мхом: болотистым местом, мшистым покосом или даже домом, где стены конопатили мхом. Прозвище Мшуня мог получить крестьянин, живший в сырой низине, или тот, кто занимался сбором мха для строительства — в деревянной Руси мох был незаменимым уплотнителем для срубов. В этом случае фамилия — топографическая или профессиональная, указывающая на место жительства или род занятий.

Есть и другая версия, менее очевидная, но лингвистически возможная. В некоторых диалектах слово «мша» или «мшура» означало мелкую, невзрачную вещь, крошку. Отсюда Мшуня — прозвище невысокого, щуплого человека. Однако эта гипотеза слабее: связь со мхом как природным материалом встречается в русской ономастике чаще (ср. фамилии Мохов, Мшаников, Мшанский), а прозвища по внешности с таким корнем — редкость.

Географически фамилия тяготеет к северо-западу и северу России — Архангельской, Вологодской, Новгородской областям, где мшистые леса и болота — типичный ландшафт, а слово «мшуна» в значении «мшистое место» бытовало в народной речи. Встречаемость фамилии низкая, что говорит о её локальном происхождении: вероятно, она возникла в одном-двух селениях и не разошлась широко.

С точки зрения социальной истории, предки Мшуниных — скорее всего, государственные или помещичьи крестьяне, реже — люди из посадских. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, а значит, в родословных книгах её искать бесполезно. Если хотите узнать точнее, стоит обратиться к метрическим книгам и ревизским сказкам по северным губерниям: там фамилия могла писаться с вариациями — Мшунов, Мшунин, а в говорах — через «о»: Мшонин.