Фамилия Машусов — редкий пример, где основа настолько затемнена, что сразу бросается в глаза необычность звучания. По модели образования это типичная русская фамилия: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), то есть Машусов — сын или потомок человека по прозвищу или имени Машус. Вопрос в том, что скрывается за корнем «Машус-».

Самая вероятная версия отсылает к диалектному или профессиональному прозвищу. В южнорусских и украинских говорах словом «машуса» могли называть человека, который суетится, машет руками, делает резкие движения — отсюда ироничное прозвище для непоседливого или суетливого человека. Менее распространённая, но лингвистически возможная гипотеза — связь с тюркскими языками, где корень «маш» означает «ловкий, быстрый» (ср. татарское «маш» — проворный). В таком случае фамилия могла возникнуть на южных или восточных окраинах русского государства, где было активно смешение с тюркским населением. Третий вариант, хоть и маловероятный, — искажённая форма от имени Матвей (через уменьшительное Машута, Машус).

Ни в одном из доступных ономастических словарей (Унбегауна, Никонова, Веселовского) фамилия Машусов не упоминается — это говорит о её крайней редкости и, скорее всего, локальном бытовании в одной-двух губерниях. Скорее всего, предок Машусов получил прозвище за манеру поведения или работы, и оно закрепилось за его потомками без изменений. Сословная принадлежность носителей неясна, но отсутствие фамилии в дворянских родословных книгах указывает на крестьянское или мещанское происхождение.