Фамилия Матаганов образована от прозвища Матаган, которое восходит к топониму Матаган. Так называется улус Боханского айма Бурятии. Само название поселения, скорее всего, ведет свое начало от арабского слова «матаг», которое на русский язык переводится как «торговое место». Возможно, что данный улус был важным торговым пунктом. Таким образом, потомок человека, которого звали Матаган, со временем получил фамилию Матаганов.