Фамилия Матипоненко — один из тех редких случаев, когда корень слова неочевиден, а суффикс сразу указывает на географию. Формант -енко (с ударением, скорее всего, на последний слог) — типичный украинский патронимический суффикс, означающий «сын» или «потомок». В XVII–XVIII веках такие фамилии массово закреплялись на Левобережной Украине, в Слобожанщине и на юге России, куда переселялись казаки и крестьяне. То есть носитель фамилии — потомок человека по имени или прозвищу Матипон.

Сам корень Матипон — загадка. Скорее всего, это не каноническое церковное имя, а прозвище или переосмысленное иностранное слово. Первая версия: основа восходит к греческому именам вроде Матфей (Матвей) или Матфий, которые в народной речи давали формы вроде Матя, Матюха, Матиша. Окончание -пон могло возникнуть как искажение при записи: например, диалектное «Матюпон» или «Матипон» — так в быту звали человека, чьё имя путали с уменьшительным. Вторая версия — связь с тюркскими или кавказскими корнями: в осетинском языке есть слово «мати» (знать, ведать) или «пон» (путь, дорога), но это уже область догадок без твёрдых оснований.

Интересно, что фамилия почти не встречается в исторических реестрах запорожских казаков или переписях XIX века — это говорит о том, что она могла возникнуть поздно, возможно, уже в XX веке при паспортизации, когда писарь записал прозвище на слух. В пользу этого говорит и необычное сочетание звуков: для украинской фамилии типичнее было бы «Матипоненко» с ударением на «о», но в реальности люди часто произносят её с ударением на «е» — как более привычное для русского уха окончание.

Есть и совсем бытовая версия: «матипон» могло означать человека, который постоянно повторял слово «мати» (мать) или был так прозван за привязанность к матери. В говорах Черниговщины и Полтавщины слово «мати» — это и есть «мать», а суффикс -пон мог быть остатком старого прозвищного суффикса, как в словах «капюшон» или «башмак». Но это лишь предположение.

Однокоренных фамилий практически нет. Встречаются единичные Матипон, Матипонов, но они явно восходят к тому же корню. Редкость фамилии делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если вы носите Матипоненко, ваши предки, скорее всего, жили в небольшом селе на севере Украины или в приграничных районах России, а сама фамилия могла возникнуть из прозвища, которое не записывали в официальные документы до советского времени.