Фамилия Мотипоненко — редкий пример украинской фамилии, образованной от прозвища, которое, скорее всего, связано с профессией или особенностью поведения. Основа «Мотипон» почти наверняка восходит к глаголу «мотати» (мотать, наматывать) и существительному «поня» (пот, испарина). В диалектах украинского языка «мотипон» могло означать человека, который много и тяжело работает, «до седьмого пота» — то есть трудягу, работягу. Вторая версия, менее вероятная, но возможная: прозвище могли дать тому, кто постоянно «мотался» (суетился, бегал) и потел от нервов или спешки.

Суффикс «-енко» — типичный для восточной и центральной Украины, он указывает на происхождение: «сын Мотипона» или «потомок Мотипона». В XVII–XVIII веках такие фамилии закреплялись за казаками и крестьянами, часто не имевшими наследственных родовых имён. Географически фамилия тяготеет к Полтавской, Черкасской и Киевской областям — регионам, где суффикс «-енко» доминировал, а диалектное слово «поня» было в ходу.

В отличие от более распространённых фамилий вроде Мотиенко или Мотиненко, форма «Мотипоненко» сохранила полную основу прозвища. Это говорит о том, что фамилия могла возникнуть в среде, где прозвище было устойчивым и понятным окружающим — например, в небольшом селе или хуторе. В современных документах фамилия встречается крайне редко, что делает её ценной для генеалогического поиска: носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких соседних родов.

Есть и альтернативная гипотеза: «Мотипон» могло быть искажением имени или фамилии греческого или молдавского происхождения (например, Мотропон или Мотипол), но для украинской ономастики это маловероятно — звуковой состав и суффикс указывают на местное, славянское образование. Таким образом, с высокой долей уверенности можно считать, что предки носителя фамилии Мотипоненко были простыми работящими людьми, чьё прозвище закрепилось в роду как напоминание о крестьянском или казацком труде.