Фамилия Матоушек — редкий для России пример западнославянского образования, которое почти не встречается в исконно русской модели фамилий. Её основа — чешское или словацкое личное имя Матоуш, местный аналог библейского Матфей (Matouš в чешской традиции). Суффикс -ек указывает на уменьшительную или патронимическую форму: буквально «маленький Матоуш» или «сын Матоуша». В русском языке такая модель нехарактерна: наши фамилии на -ек почти всегда восходят к прозвищам (Кузька, Ивашка) или заимствованы из украинского и польского, но здесь случай иной.

По сути, Матоушек — это фамилия-идентификатор, которая закрепилась за человеком, чей отец или предок носил имя Матоуш. В Чехии и Словакии такие фамилии на -ек массово возникали в XV–XVII веках, когда крестьяне и горожане получали прозвища по имени отца. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, где ударение часто падает на суффикс, в Матоушек оно фиксированное на втором слоге: Мато́ушек.

Географически фамилия почти не встречается в России в исконном виде — её носители, скорее всего, потомки чешских или словацких переселенцев, которые оказались на территории империи в XIX — начале XX века (например, специалисты-пивовары, учителя или ремесленники, приглашённые на работу). В самой Чехии фамилия Матоушек довольно распространена, особенно в Богемии и Моравии, и существует в вариантах Matoušek (с диакритикой) и Matousek (без неё в англоязычной записи).

С точки зрения социального контекста, фамилия не указывает на дворянство или высокое происхождение — это типичная фамилия свободных крестьян и горожан, которая закрепилась через имя, а не через сословие. Если ваш предок носил её в Российской империи, стоит искать следы в документах о переселении или в метрических книгах католических приходов — православные записи эту фамилию почти не фиксировали.