Фамилия Мационис звучит нехарактерно для русской традиции, и это первая подсказка: её происхождение скорее всего не восточнославянское, а балтийское или польское. Окончание -ис — верный признак литовской или латышской фамильной модели, где суффикс указывает на происхождение от отца или род деятельности. В Литве такие фамилии на -is, -ius, -unas обычны, а в русской записи они часто получали окончание -ис или -ус.

Основа Мацион- восходит к литовскому личному имени Macys или Macionis — уменьшительной форме от Motiejus (Матвей, аналог библейского Матфея). То есть Мационис — это по сути «сын или потомок Матиса/Мация». В польском языке похожая фамилия Macioń или Macion встречается реже, но тоже возможна, особенно на восточных окраинах Речи Посполитой.

Вторая версия, менее распространённая, связывает фамилию с литовским словом macioti — «махать, размахивать», но это скорее народная этимология. Лингвисты считают, что прозвище от глагола маловероятно: в основе почти всегда лежит крестильное имя, а не бытовое действие.

Географически фамилия Мационис сосредоточена в Литве и северо-западной Беларуси, а в России встречается у потомков литовцев, переселившихся в XIX–XX веках. Носители могли быть крестьянами, мещанами или мелкими шляхтичами — точных данных о сословном составе нет, но литовские фамилии на -ис редко указывают на высшую знать.

Если сравнивать с однокоренными русскими фамилиями, то аналогом будет Матвеев, но Мационис сохранил более архаичную форму, где имя отца не переделали в притяжательное прилагательное, а оставили в виде отчества с балтийским суффиксом.