Фамилия Мацыганова — женская форма от мужской Мацыганов, а та, в свою очередь, образована от прозвища или мирского имени Мацыган. Основа здесь — южнорусское или украинское слово «мацига́н». В курских, воронежских и донских говорах так называли невысокого, коренастого, крепко сбитого человека, часто с оттенком «малорослый, но плотный». Встречается и другое значение — «упрямец», «крепкий орешек», от глагола «мациганить» (настаивать на своём, гнуть линию). Слово явно звукоподражательное или образованное от «мацать» (щупать, трогать) с экспрессивным суффиксом -иган, который придаёт прозвищу грубоватый, народный оттенок.

Фамилия — относительно редкая. Она не встречается в старых боярских списках или дворянских родословных. Скорее всего, её носили крестьяне или однодворцы (особая категория населения на юге России, жившая на границе с Диким полем). Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель: «чей?» — Мацыганов, то есть сын или потомок Мацыгана. Интересно, что в некоторых переписях XIX века фамилию могли записывать через «а» — Мацаганов, но корень оставался тем же.

Географически фамилия больше всего привязана к Курской, Воронежской и Ростовской областям, а также к востоку Украины. Встречаются единичные носители в Сибири — туда предки могли переселиться в ходе столыпинской аграрной реформы.

Сравнение с однокоренными фамилиями: Мацыгин, Мацыков, Мацышев. Они все восходят к той же основе, но Мацыганов выделяется суффиксом -ан, который в русских прозвищах часто давал значение «человек, обладающий качеством в превосходной степени». То есть Мацыган — это не просто плотный, а «самый что ни на есть коренастый».

Версия о связи с еврейским именем Мацыган (от идишского «мацэ» — маца) маловероятна: фамилия нехарактерна для ашкеназской ономастики, да и суффикс -ов для неё не типичен. Гораздо правдоподобнее — чисто русское диалектное прозвище, закрепившееся в документах.