Фамилия Мавколенко — характерный пример восточнославянской фамилии, сформированной по украинской модели. Суффикс -енко указывает на происхождение с территории современной Украины (реже юга России и Беларуси) и буквально означает «маленький», «сын» или «потомок». То есть Мавколенко — это «сын (или потомок) Мавколы».

Сложность и главный интерес фамилии — в основе Мавкол-. Это некалендарное, то есть не церковное, а народное прозвище или имя. Корень Мав- может восходить к греческому имени Маврикий (в народной форме Мавко, Мавка), которое в переводе означает «тёмный», «мавр». В украинской традиции известно также слово «мавка» — мифологическое лесное существо, русалка. Вряд ли прозвище напрямую связано с нечистой силой, скорее так могли назвать ребёнка, родившегося с тёмными волосами или смуглой кожей, или же дать имя в охранительных целях — чтобы злые духи не тронули.

Вторая часть основы, -ол-, может быть вставным элементом, характерным для народной этимологии (ср. Павло, Михайло), или же указывать на диалектное окончание имени. Возможна и более прозаическая версия: прозвище Мавкола могло образоваться от глагола «мавкати» (мяукать) — так могли прозвать человека с тонким, «кошачьим» голосом или кошачьей повадкой. Эта версия менее вероятна, но не исключена.

Фамилия редкая, не входит в списки массовых дворянских фамилий. Носители Мавколенко, скорее всего, происходили из крестьянской или казацкой среды. Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины (Полтавщина, Черкащина, Днепропетровщина), где суффикс -енко наиболее распространён.

В написании возможны варианты: Мавкаленко (с буквой «а» во втором слоге), что может указывать на акающее произношение. Оба варианта — результат одного и того же прозвища.