Фамилия Майнцер прямо указывает на географическое происхождение. Её основа — прозвище, которое давали человеку, приехавшему из немецкого города Майнц (Mainz) или его окрестностей. В русской традиции такие прозвища, образованные от названий городов и земель, часто становились фамилиями, особенно если предок был переселенцем, ремесленником или купцом, прибывшим из немецких земель.

Майнц — не просто один из городов Германии, а место с двухтысячелетней историей. Основанный римлянами в 13 году до н. э. как военный лагерь, он вырос в один из трёх крупнейших центров к северу от Альп (наряду с Кёльном и Триром). Древнее название города — Могонтиациум (Mogontiacum) — имеет кельтские корни и, по распространённой версии, связано с именем кельтского божества Могона. Эта глубокая историческая привязка роднит фамилию Майнцер с целым пластом немецких фамилий на -er, указывающих на место жительства (ср. Берлинер, Дрезденер, Гамбургер).

Словообразовательная модель здесь прозрачна: суффикс -ер (в немецком -er) в сочетании с названием города образует именование жителя или выходца. В русском языке фамилия сохранила эту немецкую основу практически без изменений, что говорит о её относительно позднем закреплении — скорее всего, в XVIII–XIX веках, когда в Российской империи активизировались миграции немецких колонистов, специалистов и ремесленников.

Фамилия редкая и не имеет массового распространения. Её носители встречаются в основном на юге России и в Поволжье, где исторически существовали немецкие колонии. Вероятно, предок Майнцер был либо выходцем из самого города Майнца, либо его фамилия закрепилась за переселенцем, которого земляки запомнили по родному городу.