Фамилия Мазоненко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которые в XVII–XVIII веках массово формировались в казацкой среде. Суффикс -енко указывал на «малого», «сына» или «потомка» человека, чьё имя или прозвище легло в основу. В данном случае основа — «Мазон». Такая фамилия не встречается в списках древних дворянских родов: она типична для крестьянского и казачьего сословия Левобережной Украины, где суффикс -енко стал главным маркером родового имени.

Происхождение основы «Мазон» неоднозначно. Самая простая версия — от прозвища Мазон, которое могло быть образовано от глагола «мазать». В украинских говорах «мазон» — это тот, кто пачкает, марает, либо человек, занимающийся малярным делом или смазкой колёс. Возможна и связь с диалектным «мазниця» (маслёнка для колёс) — тогда прозвище могло прикрепиться к возчику или ямщику. Менее вероятна версия о происхождении от польского «maz» (маз, мазня) — в этом случае прозвище могло иметь пренебрежительный оттенок, но такие формы в украинской ономастике редки.

Ещё один вариант — связь с еврейским именем Мазон (от «мазон» — «пропитание» на иврите). Но если бы фамилия была еврейской, она почти наверняка сохранила бы другое оформление (Мазон, Мазонов) и не получила бы типично украинского суффикса -енко. Поэтому для носителя фамилии Мазоненко логичнее всего считать, что его предок — украинский крестьянин или казак, получивший уличное прозвище Мазон за привычку пачкаться или за ремесло, связанное с мазью.

Географически фамилия Мазоненко тяготеет к центральным и восточным областям Украины — Полтавщине, Черкащине, Сумщине. В России она встречается редко, в основном среди потомков переселенцев с Украины. Известных исторических личностей с этой фамилией нет — это рядовая фамилия, каких тысячи. Но именно в этой «рядовости» её ценность: она прямо ведёт к быту и занятиям простого человека из украинского села, а не к дворянской генеалогии.