Фамилия Мазурайтис — яркий пример литовской модели фамилии, которая в русском языке закрепилась в полонизированной (через польский язык) форме. Если убрать типичный литовский суффикс -айтис (-aitis), который указывает на сына или потомка (буквально «сын Мазураса»), мы получим основу «Мазур-». Это сразу же отсылает нас к этнониму: мазуры — жители Мазовии, исторической области на северо-востоке Польши. В Литве и Беларуси так называли выходцев оттуда, причем часто с оттенком «чужак», «католик» или просто «поляк».

Суффикс -айтис — один из самых распространенных в литовской антропонимии, наряду с -унас, -ėnas и -onis. Он образует так называемые патронимические фамилии (по отцу). Таким образом, первый носитель фамилии Мазурайтис был сыном человека по прозвищу Мазурас, то есть «Мазурёнок» или «Мазурович». В русских документах XIX века, особенно в Ковенской и Виленской губерниях, такие фамилии часто записывали на польский манер с окончанием -айтис (или -айтис), хотя в самой Литве произношение могло быть ближе к «Мазурайтис».

Географически фамилия почти наверняка привязана к западной или центральной Литве (Жемайтия, Аукштайтия), где проходили границы расселения мазуров. Встречается она и в приграничных районах современной Беларуси (Гродненщина), куда литовские фамилии проникали вместе с католическим населением. Интересно, что в самой Польше фамилия Мазур распространена широчайше, а вот форма Мазурайтис — исключительно литовский вариант, который говорит о том, что предок либо сам переехал из Мазовии, либо получил прозвище от соседей-литовцев за свое происхождение.

В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые закрепились как наследственные в XV–XVII веках, литовские фамилии вроде Мазурайтис оформились позже, в основном к XVIII–XIX векам, когда по указу российских властей крестьянам и мелкой шляхте стали массово присваивать постоянные фамилии. Поэтому искать древних бояр или знатных родов под этой фамилией не стоит — скорее всего, это фамилия крестьянина или ремесленника, чей отец или дед носил прозвище «Мазурас».