Фамилия Мебонья звучит необычно для русского уха, и это первый ключ к разгадке. В ней нет славянских суффиксов, а окончание -ья наводит на мысль о западном, скорее всего, итальянском или испанском происхождении. В русском языке такие фамилии обычно появлялись через обрусевшую ветвь иностранцев — например, архитекторов, художников или военных, приглашённых в Россию в XVIII-XIX веках.

Основа фамилии, скорее всего, восходит к итальянскому слову «mela» (яблоко) или испанскому «melón» (дыня). В итальянском варианте «Mebonia» могла быть прозвищем человека, торговавшего яблоками, или владельца яблоневого сада. Суффикс -онья (от итал. -onia) часто встречается в фамилиях, образованных от названий местности или характерных признаков. В испанском варианте «Melonía» могла указывать на человека с крупной головой или любящего дыни — прозвища по еде давали охотно и в Средиземноморье.

В русских архивах фамилия Мебонья встречается крайне редко. Если искать её корни в России, то можно предположить, что предки носителя были выходцами из Италии или Испании, осевшими в южных губерниях (например, в Одессе, Крыму или на Кавказе). Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Ме-бо́-нья. Не исключено, что первоначальная форма была «Мебони» или «Мебоньо», а окончание -ья появилось при адаптации к русскому склонению по женскому роду — такое случалось, когда фамилию записывали со слов женщины или путали окончания при переписи.

Альтернативная версия — фамилия могла возникнуть как искажение более известной итальянской фамилии, например, «Мамбонья» или «Меллонья». В таком случае исходное прозвище могло быть связано с «mambone» (большеротый) или «melone» (дыня, в переносном смысле — простак). Но без документальных подтверждений это лишь догадки.