Фамилия Медесов — один из тех случаев, когда корень слова обманчиво прост, а происхождение ведёт в сторону от привычных русских имён. На первый взгляд, в основе лежит имя или прозвище Медес, но в русской антропонимии такое имя не встречается ни в святцах, ни в дохристианском именослове.

Самая вероятная версия — тюркское происхождение. Фамилия образована от прозвища, восходящего к тюркскому слову «медес» (или «медесчи»), что означает «помощник», «подручный», «ученик мастера». В среде ремесленников и торговцев Средней Азии, Казахстана и татарских ханств так называли начинающего подмастерья или человека, который выполнял подсобную работу. Суффикс -ов стандартно русифицировал фамилию, когда носитель переходил в русскоязычную среду или попадал в документы Российской империи. Таким образом, первый Медесов — это, скорее всего, выходец из тюркской общины, получивший фамилию по своему социальному положению: «сын подмастерья» или «сын помощника».

Менее распространённая, но допустимая версия — связь с арабским именем Мадис (Мадис — вариант имени Махди, «ведомый по правильному пути»). В тюркской передаче звук «х» мог выпасть, и имя трансформировалось в Медес. Но в этом случае фамилия ожидалась бы как Мадисов или Мадесов. Написание через «е» указывает скорее на прозвищную, бытовую основу, а не на книжное имя.

География фамилии подтверждает тюркскую версию. Медесовы встречаются в Оренбургской области, Татарстане, Башкортостане, а также среди казахов и ногайцев. В русских деревнях центральной России фамилия практически не фиксируется. Это указывает на то, что фамилия сложилась на границе оседлого и кочевого мира, в зоне активного смешения народов.

Словообразовательная модель типична для фамилий позднего происхождения (XIX — начало XX века), когда тюркские прозвища массово оформлялись русским патронимическим суффиксом. Здесь нет уменьшительных или уничижительных форм — только прямое указание на род занятий или статус предка.