Фамилия Мефтодовский — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не прозвище, а топоним, причём с неочевидной географией. Словообразовательная модель прозрачна: суффикс -ский указывает на происхождение от названия места. В польской, украинской и западнорусской традициях фамилии на -ский обычно получали дворяне по названию родового имения или выходцы из определённого села. Однако здесь основа нестандартная.

Корень Мефтод- — это искажённая народная форма церковного имени Мефодий (от греческого «методос» — «способ, следование»). В русских говорах имя Мефодий нередко упрощали до Мефтод, Мехтод или Нефтод. Соответственно, Мефтодовский — это «тот, кто родом из места, названного в честь Мефодия». Таким местом могло быть село Мефтодово (или Мефтодовка), владельцем или основателем которого был человек по имени Мефодий.

Вероятнее всего, фамилия сформировалась в среде польской или украинской шляхты, а затем через униатские или православные земли перешла в российское крестьянство. Прямая параллель — фамилии Мефодиев (от имени) и Мефодовский (от топонима). Мефтодовский отличается именно оглушением «д» в «т» — это характерный признак североукраинских или белорусских говоров, где звонкие согласные на конце слога часто заменяются глухими.

Дворянское происхождение фамилии неочевидно. В Речи Посполитой гербовые книги фиксируют множество фамилий на -ский, но Мефтодовские в них не встречаются. Скорее всего, это поздняя фамилия, возникшая в XIX веке, когда крестьяне получали фамилии по названию деревни, где жили. Если деревня называлась Мефтодовка, то её жители становились Мефтодовскими.

В современной России фамилия встречается единично — в основном в центральных и южных областях, а также в Краснодарском крае, куда переселенцы с Украины принесли свои фамилии в XIX–XX веках. Поиск по базам данных показывает не более нескольких десятков носителей по всей стране. Это редкая фамилия, сохранившая в своей основе народное произношение церковного имени и местную привязку к исчезнувшему или переименованному селу.