Фамилия Мегаворян — редкий случай, когда армянская фамилия почти наверняка имеет неармянские корни. Её основа, «Мегавор», не встречается в списках традиционных армянских имён или прозвищ, а суффикс -ян (армянский патронимический показатель, означающий «из рода такого-то») наложился на основу, которая звучит как иноязычное слово.

Самая правдоподобная версия — связь с греческим μέγας (mégas), то есть «большой, великий». В таком случае фамилия могла возникнуть в среде армян, живших в Греции или в греко-армянских смешанных общинах (например, в Понте или Каппадокии). Прозвище «Мегас» или «Мегавор» (с армянским суффиксом деятеля -вор) могло означать «великан», «большой человек» или «вельможа». Позже, при переселении в Армению или Российскую империю, это прозвище оформили по армянской модели в фамилию.

Есть и альтернативное, но менее вероятное объяснение — от армянского слова «мег» (մեղք) — «грех» или «вина». Тогда «Мегавор» могло бы означать «грешник» или «виновный». Однако звуковой переход «г» в «г» и отсутствие смягчения делают эту версию натянутой: в армянском слово «грех» произносится с другим качеством согласного. К тому же прозвища с явным негативным оттенком редко становились основой для фамилий без ироничного или бытового контекста.

Фамилия Мегаворян — не массовая. В дореволюционных метрических книгах и в советских базах данных она встречается точечно, в основном на юге России (Краснодарский край, Ставрополье) и в Закавказье. Это подтверждает версию о миграции: армяне, вышедшие из Османской империи или греческих регионов, часто получали фамилии, которые сохраняли память о прежнем месте жительства или о внешности предка. Так что, скорее всего, первый носитель фамилии Мегаворян был либо крупным физически, либо занимал высокое положение в своей общине — и получил прозвище, которое пережило века.