Фамилия Меинцер — яркий пример того, как географическое название становится родовым прозвищем, а затем и фамилией. Её основа — немецкий топоним Майнц (Mainz), древний город на Рейне, или река Майн (Main). Суффикс -ер в немецких фамилиях обычно указывает на выходца из определённого места: Меинцер — это «тот, кто из Майнца» или «живущий на Майне». Такая модель образования типична для юга Германии и Австрии, где фамилии на -er (Мюллер, Фишер, Циммерман) распространены повсеместно, а топонимические прозвища закреплялись за переселенцами.

В отличие от многих русских фамилий, которые образуются через притяжательные суффиксы (-ов, -ин), Меинцер сохраняет немецкую словообразовательную структуру. Это говорит о том, что носитель фамилии или его предки были этническими немцами, приехавшими в Российскую империю, скорее всего, в XVIII–XIX веках. Массовые переселения немцев в Поволжье, Причерноморье и на Волынь при Екатерине II принесли в Россию множество таких фамилий. Меинцер мог появиться в семье ремесленника, крестьянина или колониста, который в документах записывался по месту прежнего жительства.

Споров о происхождении фамилии почти нет: корень прозрачен. Единственное разночтение — написание. В немецком варианте фамилия выглядит как Meintzer или Mainzer, а русская передача «Меинцер» закрепилась через практическую транскрипцию. Встречается и форма «Мейнцер», что ближе к немецкому произношению, где «ei» читается как «ай». Разница в написании не меняет сути: оба варианта отсылают к Майнцу.

В дореволюционной России фамилия Меинцер не была распространена широко — её носители в основном оставались в среде немецких колонистов, реже встречались среди обрусевших дворян или купцов. После депортации советских немцев в 1941 году фамилия разошлась по разным регионам, но сохранила чёткую этническую привязку. Сегодня Меинцеры живут как в России, так и в Германии, куда многие вернулись в конце XX века.

Ономастические справочники, например работы Б. Унбегауна, относят подобные фамилии к категории «топонимических прозвищ», подчёркивая, что они редко давали дополнительную социальную характеристику — только указывали на происхождение. Для носителя фамилии Меинцер это значит, что его предок был человеком, покинувшим родной город Майнц и унёсшим с собой в новую землю его название как личную метку.