Фамилия Мекиса — редкий случай, когда наиболее вероятное объяснение лежит не в славянской, а в греческой языковой среде. Если коротко: её основа, скорее всего, восходит к греческому имени или прозвищу, а сама фамилия закрепилась на юге России или Украины.

Словообразовательная модель здесь нестандартная. В русских фамилиях суффиксы -ов, -ин, -ский встречаются постоянно, а Мекиса заканчивается на -а, что типично для украинских, белорусских и греческих фамилий. В греческом языке суффикс -ис (в русской передаче -ис или -исс) часто образует фамилии от личных имён или профессий. Вероятнее всего, в основе лежит греческое имя Мекис (Μέκης) — уменьшительная форма от более длинных имён, например, от Мелетия (Μελέτιος) или Димитриса (Δημήτρης). В таком случае фамилия Мекиса означает «потомок (или человек) Мекиса».

Вторая версия, менее популярная, но не исключённая — связь с тюркскими языками. В некоторых тюркских наречиях есть слово «мекис» со значением «упрямый», «крепкий». Если предок получил такое прозвище за характер, то фамилия могла возникнуть по той же модели, что и у южнорусских казаков или у народов Северного Кавказа, где греческие и тюркские фамилии нередко соседствуют. Однако греческая этимология выглядит убедительнее: греческие поселения на побережье Чёрного и Азовского морей (Мариуполь, Таганрог, Одесса) дали много фамилий с таким окончанием — Палиса, Хадзиса, Каракиса. Мекиса вписывается в этот ряд.

Географически фамилия встречается редко, но заметна в Краснодарском крае, Ростовской области и в Крыму — то есть именно там, где исторически жили греки-понтийцы или потомки греческих переселенцев из Крыма. В центральной России она почти не встречается, что тоже подтверждает версию о южном, греческом корне.

Сословно предки с такой фамилией могли быть мещанами, казаками или крестьянами — греческие колонии на юге России были многослойными, от купцов до рыбаков. Но точных данных о дворянстве или известных носителях нет: фамилия осталась локальной и не попала в общероссийские родословные книги.