Фамилия Мекльников — редкий случай, когда написание говорит о произношении больше, чем о корне. В ней слышен отчётливый «ёкающий» говор: исходная форма, скорее всего, Мекольников, где безударное «о» редуцировалось, а затем на письме закрепилось через «е» — так, как слышали писцы в XVII–XIX веках. По сути, перед нами вариант фамилии Мекольников, а та, в свою очередь, образована от прозвища Меколь.

Основа «Меколь» — тёмная, но не безнадёжная. Можно предположить два пути. Первый: диалектное «меколь» или «мёколь» — заострённая палка, колышек, которым метили землю, или же часть ткацкого станка. Тогда Меколь — человек, делавший такие колышки, или же тот, кто ставил межевые знаки. Второй, менее вероятный: искажение канонического имени Михаил в просторечии (ср. Михаль, Михей, но Меколь — слишком далеко). Более правдоподобна версия с прозвищем по занятию.

Суффикс «-ников» указывает на принадлежность к ремеслу или роду деятельности: Мекольников — сын Меколя, то есть потомок мастера по меколям. Такая модель типична для северных и центральных губерний России, где фамилии на «-ников» особенно часты у крестьян и ремесленников. В дворянской среде эта фамилия не встречается.

Интересно, что написание «Мекльников» с двумя согласными в корне (к-ль) — почти наверняка результат поздней унификации: букву «о» просто выбросили, чтобы писать короче, а произносить продолжали по-старому. В метрических книгах XIX века можно найти и «Мекольниковы», и «Мекльниковы» — это одна и та же семья, записанная по-разному. Так что носителям фамилии стоит помнить: их предки, скорее всего, были не из знати, а из мастеровых людей, чьё прозвище закрепилось в речи и дошло до нас в чуть усечённом виде.