Фамилия Мекнзин — редкий случай, когда написание почти полностью скрывает исходное звучание. Скорее всего, перед нами искажённая запись шотландской фамилии MacKenzie (Маккензи). В русском языке XVIII–XIX веков, особенно в среде военных и моряков, иностранные фамилии нередко записывали на слух, без оглядки на оригинал. Так MacKenzie могло превратиться в Мекнзи, а суффикс -ин добавился уже на русской почве по модели «чей?» — то есть «сын Мекнзи».

Основа фамилии — шотландское Mackenzie, которое восходит к гэльскому Mac Coinnich, что значит «сын Койнниха». Личное имя Coinneach переводится как «красивый» или «светлый». Поэтому в далёком исходе Мекнзин означает нечто вроде «потомок светлого» или «красивый из рода». Но этот смысл полностью утрачен в русском бытовании: для носителя фамилия Мекнзин — звуковой комплекс без очевидной внутренней формы.

Версия о русском корне маловероятна. В русских говорах нет слова «мекнза» или «мекнзин», а суффикс -ин указывает на принадлежность, но основа необъяснима. Если бы фамилия была исконной, она бы имела параллели вроде Мекнин, Мекшин, но их нет. Поэтому версия с заимствованием через военную или дипломатическую среду — основная. Известно, что в России служили выходцы из шотландских кланов, например, адмирал Фома Мекензи (Thomas MacKenzie), основатель Севастополя. Его фамилия писалась как Мекензи, но в просторечии и при записи в метриках могла дать вариант Мекнзин.

Географически фамилия Мекнзин встречается единично, в основном на юге России и в бывших казачьих областях, где оседали иностранные специалисты. Носителей мало, что подтверждает её искусственное, книжное происхождение. Это не крестьянская фамилия, а след конкретного человека, чью фамилию переделали под русский грамматический строй.