Фамилия Мекто — редкий случай, когда географический и этнический след важнее морфологического разбора. В русской ономастике фамилии на -о обычно указывают на украинское или белорусское происхождение (типа Шевченко, Коваленко), но Мекто явно выбивается из этого ряда. Скорее всего, она пришла из тюркских языков, где слово «мектеп» (школа) или «мекте» (учебное заведение) могло стать прозвищем для учителя, грамотея или человека, связанного с обучением. Встречается и вариант «мекте» — «пчела» в некоторых диалектах, что даёт вторую версию: предок мог быть пчеловодом или пасечником.

Суффикса -ов или -ин здесь нет, что типично для поздних переселенческих фамилий, которые закрепились в форме чистого прозвища. Такое часто случалось у народов Северного Кавказа, крымских татар или ногайцев, где русская администрация фиксировала фамилию «как слышала», без добавления стандартных окончаний. Фамилия Мекто могла возникнуть в среде кубанских или ставропольских казаков, имевших тесные контакты с горскими и тюркскими народами.

Третья, менее вероятная версия — от личного имени Мекто, которое могло быть уменьшительной формой от Мехмет (турецкое «Мухаммед»). В османских записях встречаются имена вроде Мекто, но для русской фамилии такой путь редок: обычно тюркские имена всё же получали русский суффикс (Мектов, Мехметов). Отсутствие суффикса — как раз ключ: это не «оселая» фамилия, а скорее прозвище, занесённое в документы при переписи в момент, когда носитель ещё не обрусел.

Сословно предки Мекто могли быть из крестьян-однодворцев южных губерний, из казаков или из так называемых «инородцев» — так в XIX веке называли нерусские народы империи. Точных данных о знаменитых носителях нет, фамилия не попала в дворянские родословные книги. Но именно это и делает её типичной для «народной» ономастики: она хранит память о занятии или месте, а не о титуле.