Фамилия Мельгерт — редкая для России, и её происхождение ведёт не в славянскую, а в немецкую среду. Это типичная немецкая фамилия, которая попала в русский обиход, скорее всего, вместе с переселенцами или специалистами, приглашёнными в Россию в XVIII–XIX веках. Разбирать её через русские суффиксы -ов или -ин бессмысленно: основа здесь не адаптирована, а заимствована целиком.

Корень фамилии — немецкое имя Melcher или Melchior. В основе лежит библейское имя Мельхиор, которое в христианской традиции носил один из трёх волхвов, принёсших дары младенцу Иисусу. В немецком языке это имя давало множество производных фамилий: Melcher, Melchert, Melgert. Форма Мельгерт — это вариант с характерным нижненемецким или восточно-прусским окончанием -ert, которое часто встречается в фамилиях, образованных от личных имён (сравните: Reinert от Reinhard, или Hilbert от Hildibald). Таким образом, первый носитель фамилии, вероятно, был потомком или слугой человека по имени Мельхиор, либо сам носил это имя в качестве прозвища.

Второй, менее вероятный, но возможный вариант — связь с немецким словом Melker (дояр) или Melkert (от melken — доить). В этом случае фамилия могла быть профессиональным прозвищем скотника или работника на молочной ферме. Однако для фамилии Мельгерт основная версия — именно именная, от Мельхиора. Географически фамилия чаще всего встречается в землях бывшей Восточной Пруссии (ныне Калининградская область) и у российских немцев Поволжья.

В России фамилия остаётся малочисленной. Её носители — потомки тех немецких колонистов, которые сохранили свою фамилию в оригинальном написании, без русификации. Поэтому искать в ней славянские корни не стоит: перед нами чистый пример того, как европейская антропонимическая модель прижилась на русской почве, не изменив формы.