Фамилия Мельзенинов — одна из тех, что ставит в тупик даже опытного ономаста. В ней нет привычной прозрачной основы вроде «кузнец» или «сын Ивана». Первое, что бросается в глаза, — это редкий суффикс «-енинов». В русских фамилиях он встречается нечасто, обычно в образованиях от церковных имен (например, Арсенинов — от Арсений). Но здесь корень «Мельз-» явно неканонический. Скорее всего, перед нами не имя, а прозвище или географическое название.

Наиболее вероятная версия — связь с финно-угорским или прибалтийским субстратом. В Карелии, на севере Вологодчины и в Архангельской области встречаются топонимы с основой «Мельз-»: например, деревня Мельзень или озеро Мельзенское. В карельском языке есть слово «mel’l’a» — «мель», «отмель». Прозвище Мельзеня могли дать человеку, живущему у мелководья, на перекате. Или же это вариант фамилии от имени Мельзен (уменьшительное от Емельян с местной огласовкой: Мельян → Мельзен). Суффикс «-инов» указывает на принадлежность: «сын Мельзенина», то есть потомок человека по прозвищу или имени Мельзен.

Вторая версия, менее правдоподобная, но имеющая право на существование, — искажение фамилии Мельзеров или Мельцеров. В немецком языке «Melzer» (от «Mälzer») — солодовщик, пивовар. Если носитель фамилии попал в русскую среду, его могли переделать на «Мельзенинов» по аналогии с русскими фамилиями на «-ин». Однако против этой версии говорит то, что в центральных губерниях, где селились немцы, такая трансформация нетипична: обычно у них оставляли суффикс «-ов».

География фамилии подсказывает ее северное происхождение. Мельзениновы встречаются в основном в Вологодской и Архангельской областях, а также в Сибири — куда переселенцы с Русского Севера уходили в XVII–XVIII веках. Это были, скорее всего, государственные крестьяне или поморы. Сословная принадлежность — крестьянство или мещанство, никакого дворянства в этой фамилии не прослеживается.

Таким образом, наиболее вероятно, что предок носителя фамилии Мельзенинов жил на севере, у реки или озера с названием Мельзень, и его прозвали по месту жительства. Фамилия уникальна тем, что сохранила редкую словообразовательную модель и привязку к локальному диалекту, почти исчезнувшему из современного русского языка.