Фамилия Менихес — редкий пример фамилии, образованной от женского имени, причем с нехарактерным для русского языка финальным сочетанием. В подавляющем большинстве случаев русские фамилии на -ес (Менихес, Бенихес, Манихес) имеют еврейское происхождение. Основа здесь — женское имя Мениха (вариант Маня, Манечка), которое в идише и разговорном иврите было уменьшительной формой от Миндл или Малкель. Суффикс -ес указывает на принадлежность: «Менихес» буквально означает «сын (или потомок) Менихи». Такая модель (женское имя + -ес) типична для ашкеназских фамилий, возникших в конце XVIII — XIX веке на территории черты оседлости Российской империи, особенно в Белоруссии и Литве.

Если копнуть глубже, имя Мениха не случайно: в еврейской традиции фамилии часто давали по матери, если она была более известна в общине или осталась единственной кормилицей. Мениха — не просто «Маня», а скорее уменьшительное от Менахем (утешитель) или от Минна (любовь). Но в быту закрепилась именно женская форма, что делает фамилию Менихес не просто топонимической или профессиональной, а матрилинейной — указывающей на конкретную женщину-предка.

Встречается фамилия и у евреев-выходцев из Германии, где -ес могло быть не суффиксом, а частью фамилии-германизма (например, от немецкого Menich — «монах»), но эта версия менее вероятна: фамилия Менихес практически не фиксируется в немецких метрических книгах, зато встречается в ревизских сказках Витебской и Могилёвской губерний. Там же, кстати, попадаются варианты написания Менихес и Менихис — путаница из-за того, что в идише безударные гласные редуцируются.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит особняком: суффикс -ес не типичен для славянских фамилий (там чаще -ов, -ин, -ский), а в еврейской ономастике он выполняет ту же роль, что и -ович или -зон. Поэтому носитель фамилии Менихес, скорее всего, потомок ремесленника или торговца из местечка на западе современной Беларуси, где в XIX веке фамилии массово присваивались по именам матерей. Других версий — от тюркских или финно-угорских корней — нет, это однозначно ашкеназская фамилия.