Оно берет начало от средненемецкого нарицательного mener со значением «перегонщик рогатого скота». Возможно также, что прозвище Меннер восходит к топониму Менне. Так называется местечко в Вестфалии. Компонент –ер является суффиксом принадлежности. Так могли назвать выходца из Менне. Так, в документах упоминаются Герта Теодоровна Меннер, родившаяся в 1925 году в Ростовской области, Марта Эдуардовна Меннер, родившаяся в 1907 году в Федоровском районе, Эмиль Теодорович Меннер, родившийся в 1928 году в Федоровском районе. Среди известных однофамильцев можно назвать российского геолога и палеонтолога, академика АН СССР Владимира Васильевича Меннера.