Фамилия Мерчанский — одна из тех, где на слух кажется очевидным корень «мерч» (от английского merchandise — товар, торговая марка), но на деле всё упирается в географию и суффикс. Если бы фамилия была образована от «мерча» в современном значении, она звучала бы как Мерченский или Мерчандский. В русской ономастике такого нет. Реальный корень — «мерч» как вариант слова «мерть» или «мерча» в значении «межа, граница, рубеж». В некоторых говорах «мерч» означало «межевой знак» или «пограничный столб». Отсюда прозвище Мерча — человек, живущий на границе, у межи, или же землемер, устанавливающий границы.

Суффикс -ский указывает на географическую или топонимическую модель: такую фамилию получали либо по названию места, откуда человек родом, либо по прозвищу, которое затем оформили через -ский, как это было принято у шляхты и духовенства. В польской и западнорусской традиции фамилии на -ский часто давались по названию имения или населённого пункта. Мерчанский могло означать «из Мерч» или «из Мерчан» — такие топонимы встречаются в исторических документах: село Мерчи (Мерч) на границе нынешних Смоленской и Витебской областей, а также урочище Мерчанка в Беларуси. Выходец оттуда получал прозвище Мерчанец, а его потомки — фамилию Мерчанский.

Вторая версия, менее распространённая, но не лишённая оснований: связь с профессией. В южнорусских говорах «мерчать» значило «мерцать, тускло светить» — такое прозвище могли дать человеку с неяркой внешностью или тому, кто работал с огнём, например, свечнику или сторожу при маяке. Однако эта гипотеза слабее, так как в фамилиях редко закрепляются глагольные формы без суффикса деятеля. Правдоподобнее всего — топонимическое происхождение, подтверждённое географией: основная масса носителей фамилии Мерчанский исторически сосредоточена на западе России, в Смоленской и Псковской областях, а также в Беларуси, где и находятся соответствующие топонимы.

Фамилия не относится к числу древних аристократических — в дворянских родословных книгах она не значится, но встречается среди мещан и духовенства. В XIX веке Мерчанские фиксируются в метрических книгах как крестьяне и купцы, что типично для фамилий, образованных от названия деревни: люди брали фамилию по месту жительства при массовом закреплении фамилий в XIX веке. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Мерчáнский, хотя в некоторых говорах возможно смещение на первый.